Este me ha costado un rato, para seleccionar todos los checkbox de una determinada clase que están seleccionados podemos usar los filtros en cascada $("[condicion1][condicion2]...") pero por alguna razón no he logrado que me funcione.
Sin embargo, usando filter es trivial:
var n = $(".clase").filter(":checked").length;
console.log("Se han seleccionado "+n);